CNC-jyrsinkoneen perustoimintaan kuuluu tyypillisesti virran kytkeminen, paluu referenssipisteeseen, ohjelmasyöttö, työkappaleen kiinnitys, työkalun asetus, koneistus ja virran katkaisu. Käytön aikana on noudatettava turvatoimenpiteitä, kuten asianmukaisten suojavarusteiden käyttö ja hätäpysäytyspainikkeen oikea käyttö. CNC-järjestelmän ohjauspaneeli koostuu yleensä CRT-näytöstä, MDI-paneelista ja työstökoneiden ohjauspaneelista. Ohjelmointi on olennainen taito CNC-jyrsinkoneen käyttämisessä, käsittäen sekä manuaalisen että automaattisen ohjelmoinnin.
Leikkausparametrien valinnassa on noudatettava tiettyjä periaatteita: rouhinta pyrkii korkeaan metallinpoistonopeuteen, kun taas viimeistelyssä korkea pinnanlaatu. Tärkeimmät parametrit, kuten leikkausnopeus Vc ja pöydän syöttönopeus F, voidaan laskea kaavoilla.
